장기보유특별공제 80%의 계산식이 바뀐다 — 보유 15년·거주 5년이 60%에서 40%로 깎이는 3단계 산수 (2026 세제개편)

한 줄 결론 — 2029년부터 1세대 1주택 장기보유특별공제는 ‘몇 년 갖고 있었나’가 아니라 ‘몇 년 살았나’로만 계산된다. 보유 15년·거주 5년인 집은 지금 60%를 공제받지만, 전환이 끝나면 40%로 내려간다. 반대로 10년을 실제로 산 집은 최대 80%가 그대로 유지된다. 2027년 유예 → 2028년 절반 → 2029년 전환 완료로 세 번에 나눠 움직이는 일정이라, 지금 내 집의 거주기간을 세어두면 선택지가 남는다.

재정경제부는 2026년 8월 3일 세제발전심의위원회에서 「2026년 세제개편안」을 의결했다고 밝혔다. 부동산 세제 부분의 축은 두 개다. 하나는 종합부동산세를 ‘주택 수’에서 ‘주택 가액’으로 옮긴 것, 다른 하나는 양도소득세 장기보유특별공제를 ‘보유’에서 ‘거주’로 옮긴 것이다. 이 글은 두 번째, 장기보유특별공제 쪽만 끝까지 따라간다.

먼저 내 집의 현행 공제율부터 세어본다

지금 1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 두 개의 트랙이 합쳐진 구조다. 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주했다면, 보유기간에 연 4%(최대 40%)와 거주기간에 연 4%(최대 40%)를 각각 계산해 더한다. 합산 상한이 80%다.

여기서 놓치기 쉬운 지점이 있음. 두 트랙은 각각 상한이 걸려 있어서, 보유를 아무리 오래 해도 40%를 넘지 못한다. 20년을 보유해도 보유 트랙은 40%에서 멈춘다. 즉 80%를 채우려면 이미 지금도 거주 10년이 필요했다. 개편은 없던 조건을 새로 만든 게 아니라, 보유 트랙에 얹혀 있던 40%를 걷어내는 쪽에 가깝다.

그래서 첫 단계는 단순하다. 등기부상 취득일과 주민등록 전입·전출 이력을 꺼내 보유 연수와 거주 연수를 각각 정수로 적어보는 것이다. 두 숫자가 비슷하면 이번 개편의 영향은 거의 없고, 벌어져 있을수록 영향이 커진다. 거주 연수가 보유 연수보다 5년 이상 짧다면 아래 계산을 끝까지 따라가 볼 필요가 있다.

※ 1세대 1주택 기준. 조정대상지역 다주택 양도 등은 별도 규정이 적용된다.

세 번에 나눠 움직인다 — 2027·2028·2029

개편은 한 번에 끊지 않는다. 2027년 한 해는 현행 체계가 그대로 간다. 2028년에 보유 트랙을 절반으로 깎고 거주 트랙을 키운다. 2029년부터 보유 트랙이 사라지고 거주기간에만 연 8%를 매겨 10년이면 80%에 도달하는 구조로 일원화된다.

이 3단계 설계가 이번 개편에서 가장 실무적인 부분임. 공제율이 어느 해에 양도하느냐로 갈리기 때문에, 거주기간이 짧은 집을 갖고 있다면 ‘언제 파느냐’가 세액을 직접 바꾼다.

주의할 점은 공제 대상 자산 자체도 둘로 쪼개진다는 것이다. 주택에는 장기거주 소득공제를, 토지와 상가 등 주택 외 자산에는 장기보유 소득공제를 각각 적용한다. 조합원입주권은 관리처분계획 인가 전 자산이 주택이었으면 장기거주 소득공제를, 주택 외 건물이나 토지였으면 장기보유 소득공제를 적용한다. 같은 ‘장특공제’라는 이름으로 묶여 있던 제도가 자산 성격에 따라 갈라진다는 뜻임.

보유 트랙의 상한이 줄어드는 속도

※ 2027년 보유 상한 40%를 100으로 놓은 상대 비교.

보유 15년·거주 5년이 60%에서 40%로 — 숫자 분해

정부가 든 예시를 그대로 따라가 본다. 주택을 15년 보유하고 그중 5년을 실제로 거주한 경우다.

현행에서는 보유 15년이지만 상한 40%가 걸려 보유 트랙 40%, 거주 5년으로 거주 트랙 20%가 나온다. 합쳐서 60%. 2028년에는 보유 트랙이 15년이어도 상한 20%에서 멈추고, 거주 5년은 연 6%가 적용돼 30%가 된다. 합계 50%. 2029년부터는 보유 트랙이 없어지고 거주 5년에 연 8%를 매겨 40%만 남는다.

같은 집인데 양도 시점만으로 공제율이 60% → 50% → 40%로 내려간다는 뜻임. 반대로 10년을 계속 거주한 집은 2029년에도 80%가 그대로 나온다. 이 대비가 이번 개편의 전부라고 봐도 된다.

※ 앞의 두 사례는 재정경제부가 제시한 예시. 세 번째 줄은 같은 공제율 표를 그대로 적용해 계산한 값이며 개별 사안에 따라 달라질 수 있다.

여기서 갈리는 집단이 분명하다. 전세를 주고 오래 보유해 온 1주택자, 직장 때문에 다른 지역에 살면서 집만 갖고 있던 경우가 가장 크게 움직인다. 반대로 한 집에서 10년 이상 살아온 사람은 체감 변화가 거의 없다.

체감을 금액으로 바꿔보면 이렇다. 양도차익이 5억 원인 주택에서 공제율이 60%면 과세 대상 차익은 2억 원이고, 40%로 내려가면 3억 원이 된다. 과세표준이 1억 원 늘어나는 셈이고, 적용 세율 구간에 따라 세액 차이는 수천만 원대로 벌어질 수 있다. 공제율 20%포인트의 차이가 실제로는 이 정도 크기로 나타난다는 점을 먼저 잡아두는 편이 낫다.

공제율보다 ‘금액 상한’이 더 큰 변수인 집도 있다

덜 알려진 쪽이 이번에 처음 생기는 공제액 한도다. 지금은 양도차익이 얼마든 공제율만 곱하면 되기 때문에, 차익이 수십억 원인 주택은 공제 금액도 그만큼 커진다. 개편안은 여기에 상한선을 세운다.

2027년까지는 한도가 없다. 2028년에는 개인별 연간 공제액과 양도물건별 공제액을 각각 20억 원으로 제한하고, 2029년 이후에는 각각 10억 원으로 낮춘다. 재정경제부는 양도차익이 50억~100억 원인 경우에도 80%를 그대로 적용하는 것은 과도하다는 지적을 반영했다고 설명했다.

이 조항이 걸리는 구간은 좁다. 차익이 12억 5,000만 원이면 80% 공제액이 10억 원이므로, 2029년 상한에 처음 닿는다. 그 아래 구간의 1주택자에게는 상한이 사실상 작동하지 않는다. 공제율 개편은 넓게, 금액 상한은 좁고 깊게 설계된 셈이다.

기본공제 250만원 → 2,500만원, 조건 세 개를 모두 만족해야 한다

공제를 깎는 방향만 있는 건 아니다. 양도소득 기본공제는 현재 연 250만 원인데, 개편안은 이를 2,500만 원으로 열 배 늘린다. 다만 아무나 되는 게 아니라 조건이 세 개 붙는다.

• 10년 이상 거주— 보유가 아니라 거주 기준이다.
• 양도가액 30억 원 이하— 차익이 아니라 판 가격 기준이다.
• 1세대 1주택— 양도 시점에 요건을 충족해야 한다.

확대된 기본공제는 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용된다. 기존 250만 원을 초과하는 금액은 해당 주택의 양도소득에서만 공제된다는 단서도 붙어 있다. 부부 공동명의라면 각각 2,500만 원을 공제받는다.

정부가 든 계산은 이렇다. 10년 거주한 1세대 1주택을 30억 원에 양도하고 취득가액이 15억 원인 경우, 원래 양도세가 약 4,750만 원인데 개편 후에는 3,900만 원으로 줄어든다. 850만 원가량의 차이임. 장기보유특별공제 쪽에서 잃는 것과 방향이 반대인 항목이라, 두 개를 같이 계산해야 실제 부담이 나온다.

양도가액 30억 원이라는 선이 걸린 방식도 눈여겨볼 만하다. 차익이 아니라 판 가격으로 자르기 때문에, 오래 전에 싸게 사서 차익은 크지만 양도가액이 30억 원 이하인 집은 혜택 범위 안에 들어온다. 반대로 차익은 크지 않은데 양도가액만 30억 원을 넘긴 경우에는 확대 공제가 적용되지 않는다. 기준선을 어디에 긋느냐에 따라 대상이 갈리는 전형적인 구조다.

지금 확인할 것— 내 집의 거주기간이 10년에 가깝다면 등본상 전입·전출 이력부터 정리해두는 편이 낫다. 실제 세액은 국세청 홈택스의 양도소득세 안내와 미리계산 기능으로 확인할 수 있고, 조문 원문은 국가법령정보센터에서 소득세법을 찾아보면 된다. 개편안 원문과 상세 표는 재정경제부 「2026년 세제개편안」 보도자료에 실려 있다.

집을 비운 기간을 거주로 인정받는 경로

거주 중심으로 축을 옮기면 불가피하게 집을 비운 사람이 불리해진다. 개편안에는 그 보완책이 함께 들어갔다.

주택에 1년 이상 계속 거주한 사람이 취학, 직장 변경이나 전근, 질병 치료 등의 사유로 다른 시·군으로 주거지를 옮기면 비거주 기간을 최대 3년까지 거주기간으로 인정한다. 같은 시·군 안에서 옮긴 경우에는 원칙적으로 적용하지 않는다. 국외 취학이나 근무를 위한 출국, 60세 이상 직계존속을 동거봉양하기 위한 합가도 인정 대상에 포함된다.

재개발·재건축으로 주택이 철거돼 살 수 없게 된 경우에는 관리처분계획 인가일 현재 그 주택에 1년 이상 계속 거주한 사람에 한해 공사기간의 절반을 거주기간으로 인정한다. 인구감소지역 세컨드홈, 지방저가주택, 준공 후 미분양주택처럼 주택 수에서 빠지는 특례주택을 함께 보유한 기간도 요건을 채우면 거주기간에 포함된다.

주의할 단서가 하나 있음. 이 거주기간 인정은 장기거주 소득공제율을 계산할 때만 적용되며, 1세대 1주택 비과세를 위한 2년 거주요건에는 반영되지 않는다. 두 제도를 같은 것으로 묶어서 계산하면 결과가 어긋난다.

다주택자 — 공제가 사라지는 게 아니라 조건이 바뀐다

다주택자의 장기보유특별공제도 같은 방향으로 움직인다. 현재는 3년 이상 보유하면 연 2%, 최대 30%를 공제받는다. 2028년에는 보유 공제를 연 1%·최대 15%로 줄이는 대신, 2년 이상 실제 거주한 주택에는 연 2%·최대 30%의 거주 공제를 새로 만든다. 이 시기에는 납세자가 보유 공제와 거주 공제 중 높은 쪽을 적용받는다.

2029년부터는 보유 공제가 완전히 없어지고, 2년 이상 거주한 기간에 대해서만 연 2%·최대 30%를 공제한다. 다만 다주택자가 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우에는 지금과 마찬가지로 장기거주 소득공제를 받을 수 없다.

정리하면, 다주택자에게는 ‘살지 않는 집’의 공제가 단계적으로 소멸한다. 실제로 거주해 온 집 하나에 대해서는 30% 상한이 유지되므로, 여러 채 중 어느 집에서 몇 년을 살았는지가 세액 계산의 출발점이 된다. 재산세 쪽 변화까지 함께 보려면 종부세 과세 대상이 48만 가구로 늘어난 구조를 같이 놓고 계산하는 편이 낫다.

참고로 이번 개편안 전체로는 조세지출 241건 중 115건이 정비되고, 5년간 세수는 3조 4,430억 원 늘어나는 것으로 정부는 추계했다. 부동산 세제만 놓고 보면 종합부동산세 기본공제도 실거주 여부에 따라 거주용 1주택 14억 원, 비거주 1주택 9억 원으로 갈린다. 양도세와 보유세가 같은 기준—실제로 사는가—으로 정렬된다는 점이 이번 개편의 일관된 특징이다.

반대 시각과, 10년 뒤에 남는 것

이 설계에 이견이 없는 것은 아니다. 야당 일각에서는 장기보유특별공제 축소와 보유세 인상을 함께 추진하는 것이 장기 보유자에게 이중 부담이 된다며 중단을 요구해 왔다. 정부 측은 세수나 징벌이 목적이 아니라 1주택 실거주자의 부담을 줄이는 데 있다는 입장이다. 어느 쪽이 맞는지는 시행 이후 실거래 데이터가 쌓여야 판정된다.

실무적으로 제기되는 반론도 있다. 거주 중심 공제는 이동이 잦은 직군에 구조적으로 불리하다는 지적이다. 전근 3년 인정 같은 보완책이 들어갔지만, 3년을 넘겨 타지에 머무는 경우는 여전히 공백이 남는다. 학군이나 직장 때문에 집을 전세로 돌리고 다른 곳에 사는 방식은 한국 주거 이동의 일반적인 형태에 가깝고, 그 관행 전체가 세제상 불리해진다는 뜻이기도 하다.

반대편 논거도 같이 놓는 게 공평하다. 정부는 고가주택일수록 장기보유특별공제 혜택이 집중돼 왔다는 점을 근거로 든다. 공제율이 보유기간만으로 올라가는 구조에서는 차익이 클수록 절대 공제 금액이 커지기 때문에, 결과적으로 자산 규모에 비례해 혜택이 늘어나는 역진적 성격이 생긴다는 것이다. 금액 상한 신설은 그 지점을 겨냥한 조항으로 보인다.

10년 시계로 보면— 이 개편이 그대로 정착할 경우 주택을 ‘오래 갖고 있는 자산’으로 보는 계산법의 유인이 줄어든다. 대신 ‘오래 사는 곳’에 세제 혜택이 몰린다. 매물 회전이 느려질지, 반대로 거주 요건을 못 채운 물건이 유예 기간에 먼저 나올지는 지금 단정할 수 없다. 다만 2027년 한 해가 현행 체계로 유지된다는 점은 확정된 사실이므로, 거주기간이 짧은 물건의 양도 시점이 2027년에 몰릴 가능성은 열려 있다.

또 하나 남는 변수는 입법 절차다. 지금까지 나온 것은 정부 개편안이며, 국회 논의 과정에서 세율·시기·한도가 조정된 전례가 반복적으로 있었다. 확정된 법률로 보고 매도 일정을 짜기에는 이른 단계다.

자주 묻는 질문

Q1. 지금 집을 팔면 어떤 기준이 적용되나.
2026년과 2027년 양도분에는 현행 공제 체계(보유 연 4% + 거주 연 4%, 합산 최대 80%)가 적용된다. 다만 확대된 양도소득 기본공제 2,500만 원은 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용된다.

Q2. 보유는 20년인데 거주가 2년뿐이다. 2029년에 얼마나 줄어드나.
공제율 표를 그대로 적용하면 현행 48%에서 2029년 16%로 내려간다. 다만 실제 세액은 양도차익·취득가액·세율 구간에 따라 달라지므로 개별 계산이 필요하다.

Q3. 부부 공동명의는 기본공제를 어떻게 받나.
각자 2,500만 원씩 공제받는다. 다만 10년 이상 거주, 양도가액 30억 원 이하, 1세대 1주택이라는 조건은 그대로 충족해야 한다.

Q4. 전근으로 3년간 비웠다면 그 기간이 거주로 인정되나.
해당 주택에 1년 이상 계속 거주한 뒤 다른 시·군으로 옮긴 경우라면 최대 3년까지 인정된다. 같은 시·군 안에서 옮긴 경우는 원칙적으로 적용되지 않는다. 그리고 이 인정은 공제율 계산에만 쓰이고 비과세 2년 거주요건에는 반영되지 않는다.

Q5. 공제액 10억 원 한도는 어떤 집부터 걸리나.
80% 공제를 기준으로 하면 양도차익이 12억 5,000만 원을 넘어설 때 2029년 한도에 처음 닿는다. 그 이하 구간에서는 사실상 작동하지 않는다.

마치며

이번 개편의 핵심은 공제율이 줄었다는 것이 아니라, 계산의 기준점이 보유에서 거주로 옮겨갔다는 데 있다. 같은 집, 같은 차익이어도 등본에 찍힌 거주기간이 몇 년이냐로 결과가 갈린다. 그래서 지금 해둘 일은 매도 여부를 정하는 게 아니라, 내 집의 거주기간을 정확히 세어보는 것이다. 그 숫자가 나와야 2027·2028·2029 중 어느 해가 유리한지 비교할 수 있다.

이 글은 정보 제공을 목적으로 하며 특정 부동산의 매수·매도를 권유하지 않는다. 세법은 국회 심의 과정에서 바뀔 수 있고, 개별 세액은 취득 시기·명의·주택 수에 따라 크게 달라진다. 실제 결정은 국세청 안내와 세무 전문가 확인을 거쳐 신중히 하시기 바란다.

함께 보면 좋은 글

• 월세 세액공제 한도 1200만원 — 청년 아니어도 환급액이 느는 진짜 이유
• 퇴직금 세금 얼마나 떼나 — 퇴직소득세 계산법과 실수령액 직접 구하는 법
• 규제는 동탄으로, 세금은 모두에게 — 3중 규제와 보유세가 같이 움직이는 이유